אגף בכיר קשרי חוץ מופקד על פיתוח וקידום הקשרים הבינלאומיים של ישראל בתחום החינוך וכולל את היחידות הבאות: קשרים בינלאומיים, הערכת תארים אקדמיים ודיפלומות מחו"ל, אישורי השכלה תיכונית מהארץ ומחו"ל, אישור מוסדות וקורסים לעניין גמול השתלמות וחינוך יהודי בתפוצות.

במשרדי האגף לקשרי חוץ לא מתקיימת קבלת קהל.